SnpHub

数据集说明

本数据库包含了 386 份四倍体和六倍体小麦样本。这些样本的重测序数据比对到了IWGSC RefSeq v1.0上。

引用说明

如果您撰写论文中使用了此数据集中的数据,请引用:
Wang Z., Wang W., Xie X., et al. (2022). Dispersed emergence and protracted domestication of polyploid wheat uncovered by mosaic ancestral haploblock inference. Nat Commun 13, 3891.
https://doi.org/10.1038/s41467-022-31581-0


如果您撰写论文中使用了SnpHub进行数据分析与可视化,请引用:
Wenxi Wang, Zihao Wang, Xintong Li, Zhongfu Ni, Zhaorong Hu, Mingming Xin, Huiru Peng, Yingyin Yao, Qixin Sun, Weilong Guo. (2020). SnpHub: an easy-to-set-up web server framework for exploring large-scale genomic variation data in the post-genomic era with applications in wheat. GigaScience, 9(6), giaa060. https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa060

关于SnpHub框架

SnpHub是一个用于检索、分析和可视化基因组变异数据的、基于Shiny的服务器框架。

SnpHub首页

SnpHub使用说明


可用样本


可用染色体


预定义分组

其他信息

输入示例:Sample1,#PredefinedGroup1,Sample2,Sample3 使用#ALL可以快速输入所有样本

原始结果下载为CSV表格 将基因型以碱基形式下载为CSV表格

            

            

筛选结果


            

            


            

            


            

            

输入示例:Sample1,#PredefinedGroup1,Sample2,Sample3 使用#ALL可以快速输入所有样本

            

            


            

            

使用#RAW来代表参考基因组序列 输入示例 Sample1,#PredefinedGroup1,Sample2,#RAW,Sample3
下载为fasta格式

            

            

Consensus sequence(s)